Em 1977, o microbiólogo americano Carl Richard Woese coloca pela primeira vez a divisão clássica dos cinco reinos em causa. Através de análises de sequências de RNA ribossomal, Woese refere num artigo que há uma grande diferença dentro do grupo dos organismos procariontes. Ele propõe uma divisão dentro deste domínio em eubactérias (bactérias verdadeiras) e archaebactérias (bactérias que normalmente vivem em ambientes extremos). Já em 1990, o mesmo autor refina a sua divisão noutra publicação, propondo o que conhecemos hoje como os três domínios da vida (Eubacteria, Archaea e Eucarya), sendo Archaea o chamado "Terceiro domínio da vida". Neste artigo, Woese ressalta que a diferença entre os domínios Eubacteria e Archea é maior que a diferença entre os clássicos reinos Animalia e Fungi. Desta forma, nós seres humanos somos mais parecidos geneticamente com fungos do que microorganismos dos domínios Eubacteria e Archaea. Podemos perceber que o que Woese propôs em 1990 estava muito a frente do "consenso científico". Enquanto taxonomistas passam a toda a vida tentando organizar ordens ou géneros, Woese propôs um táxon acima de "Reino", alterando de forma marcante a nossa visão de vida no nosso planeta.É claro que um artigo deste tipo não poderia passar despercebido pela comunidade científica, ainda mais sendo publicada num dos periódicos científicos mais importantes do mundo. Como tudo na ciência, quebras de paradigmas são processos difíceis e muitas vezes bem longos. A grande descoberta de Woese foi tratada como uma loucura. Cientistas de renome mundial recusaram-se a aceitar esta descoberta como relevante, fazendo pouco caso da mesma. Uma destas vozes foi o grande ecólogo Ernst Mayr, que defendeu a utilização de apenas duas grandes divisões (Procariota s-Eucariotas) em detrimento da divisão em três domínios de Woese. A resposta de Woese foi feita em outro artigo de 1998 no qual ele termina com as seguintes conclusões (tradução livre):
"(...) A biologia do Dr. Mayr reflete os últimos bilhões de anos da evolução; a minha os primeiros três bilhões. A sua biologia é centrada em organismos multicelulares e as suas evoluções; minha num ancestral universal e seus descendentes imediatos. A sua biologia é da experiência visual, da observação direta. A minha não pode ser vista directamente ou tocada; é a biologia das moléculas, dos genes e das suas histórias inferidas. Para mim evolução é, primariamente, o processo evolutivo e não as suas consequências. A ciência da biologia é bem diferente nestas duas perspectivas, e o seu futuro ainda mais." - Carl Woese
Actualmente, o foco de Woese está voltado para a discussão do "Ancestral único". Depois de tanta discussão gerada pelo seu artigo de 1990, outro artigo publicado em 1998 não fica para trás. Woese mais uma vez arranja uma bela briga com os ecólogos mais tradicionais, defendendo a visão de que nunca existiu um ancestral único discreto, mas sim vários organismos que deram origem aos outros dos três grandes domínios. Mais recentemente Woese discutiu na revista Nature como processos comuns em microorganismos, como a transferência lateral de genes, podem alterar grande parte dos mais importantes conceitos biológicos, como organismo, espécie e até da evolução. Esta transferência lateral de genes pode ser a responsável por um mecanismo que o próprio Woese defendeu num artigo de 2006, chamado "Evolução colectiva".
Em 2003 Woese ganhou o prêmio Crafoord, entregue pela mesma acedemia sueca responsável pelo prémio nobel. O prêmio Crafoord é entregue a cientistas que tiveram trabalhos relevantes em outras áreas que não são contempladas pelo Nobel. Mais de 30 anos depois do primeiro artigo de Woese, a divisão da vida em três domínios passa a ser representativa em livros didácticos. Talvez daqui a algumas décadas com a adopção em larga escala deste conceito em livros básicos, nós seres humanos poderemos realmente entender o que Gould quis dizer com a expressão "Idade das bactérias". É que nós somos apenas um galho recém-nascido na grande árvore da vida.
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